La soja varía en crecimiento, hábito, y altura. Puede crecer desde 20 cm hasta 2 metros de altura.
Las vainas, tallos, y hojas están cubiertas por finos pelos marrones o grises. Las hojas son trifoliadas, que tienen 3 a 4 prospectos por hoja, y los prospectos son de 6–15 cm de longitud y de 2–7 cm de ancho. Las hojas caen antes de que la semillas estén maduras. Las flores grandes, inconspicuas, auto fértiles nacen en la axila de la hoja y son blancas, rosas o púrpuras.
El fruto es una vaina pilosa que crece en grupos de 3–5, cada vaina tiene 3–8 cm de longitud y usualmente contiene 2–4 semillas de 5–11 Mm de diámetro.
La soja se da en varios tamaños, y la cáscara de la semilla de colores, negro, marrón, azul, amarillo, verde y abigarrado. La cáscara del poroto maduro es duro, resistente al agua, y protege al cotiledón e hipocotilo de daños. Si se rompe la cubierta de la semilla, ésta no germinará. La cicatriz, visible sobre la semilla, se llama hilum (de color negro, marrón, gris y amarillo) y en uno de los extremos del hilum está el micrópilo, o pequeña apertura en la cubierta de la semilla que permite la absorción de agua para brotar.
Algo para remarcar, las semillas tales como las de soja que contienen muy altos niveles de proteína pueden sufrir desecación y todavía sobrevivir y revivir después de la absorción de agua.
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